九九式小銃は昭和14年(1939年)、皇紀2599年に制定されたためこう呼ばれます。
主力小銃である三八式歩兵銃と同時に採用された三八式実包は「いたずらに人命を奪わない」という人道的な観点から6.5mm口径と小口径にしていましたが、中国戦線の拡大や当時の世界情勢から口径が大きく力の強い弾丸の要望が大きく高まり、当時九二式重機関銃に採用されていた7.7mm実包をそのまま採用することで設計されました。
最初に一年間は三八式歩兵銃と同じ長さで製造されていましたが、当時の主流であった騎兵銃との中間の長さを取ったモデルを旧日本軍は「九九式短小銃」として採用しました。